關(guān)于未成年人刑事案件訴訟程序。

學界熱議的重點問題之一是附條件不起訴制度?；谖闯赡耆烁綏l件不起訴對檢察院不起訴工作提出的諸多新要求，例如未成年人附條件不起訴工作要由熟悉未成年人身心特點的檢察官來做，以及現(xiàn)行檢察業(yè)務考核可能影響未成年人附條件不起訴的適用。學者建議，實行少年檢察官制度以及合理設(shè)計并完善檢察業(yè)務考核機制。熱議的重點問題之二是社會調(diào)查制度。目前這一制度的實施現(xiàn)狀并不樂觀：不僅適用比例低，采信率也有待提升。熱議的重點問題之三是合適成年人制度。學者認可合適成年人具有監(jiān)督訊問活動、撫慰未成年人的緊張情緒等作用，但認為選任機制仍待完善。熱議的重點問題之四是未成年人犯罪記錄封存制度，學者認為此項真正能夠運作起來并發(fā)揮積極作用，還需要對封存對象、條件、內(nèi)容、效力等實質(zhì)要件以及啟動、查詢、審核和監(jiān)督的整個流程予以明確。

關(guān)于當事人和解的公訴案件訴訟程序。

關(guān)于刑事和解制度的理念，有人從恢復正義的角度認為“是傳統(tǒng)刑事司法從報應正義向恢復正義的現(xiàn)代轉(zhuǎn)型之轍”;也有人從訴權(quán)的角度解析，認為“是由私有訴權(quán)、公有訴權(quán)以及訴訟職權(quán)結(jié)合的產(chǎn)物”。具體到刑事和解的程序，學者認可立法對適用范圍、適用條件、適用后果、適用階段以及和解方式等方面的內(nèi)容，但認為仍有進一步具體和完善的空間?？疾煨淌潞徒獾膶嵺`現(xiàn)狀，有學者認為目前諒解賠償金額差距懸殊是一個突出事實，賠禮道歉等精神補償在諒解賠償中不被重視也是常有之事，第三方在刑事和解過程中的作用缺失值得重視。

關(guān)于依法不負刑事責任的精神病人的強制醫(yī)療程序。

對該項制度的設(shè)立，學者們認為“既遵循了國際通行做法，又符合中國基本國情，有助于實現(xiàn)公正、安全、人道和效率多元價值的平衡?！币灿袑W者對此項特別程序中證明責任的分配進行研究，提出問題：

一方面針對不同程序證明責任分配各不相同;另一方面在證明方式和證明標準方面，因證明內(nèi)容的不同也有嚴格證明與自由證明的區(qū)分。

關(guān)于犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件違法所得的沒收程序。

關(guān)于此項程序的性質(zhì)，有學者認為在法律解釋上采取“保安處分說”具有更強的邏輯自洽性。關(guān)于此項程序的適用范圍，有論者認為對被告人死亡案件的適用范圍未作限制甚為不妥。