(一)代開運輸發(fā)票抵扣問題。

新規(guī)定不僅規(guī)定了運輸單位提供貨物運輸勞務自行開具的運輸發(fā)票允許抵扣，同時明確運輸單位主管地方稅務局及省級地方稅務局批準的中介機構，為運輸單位和個人代開的運輸發(fā)票，可以進行增值稅抵扣，比現(xiàn)行規(guī)定國營、非國有承運單位的范圍要寬，解決了執(zhí)行中其他單位代開具運輸發(fā)票是否可以申報抵扣的問題。

(二)貨運發(fā)票票面要求。

增值稅一般納稅人2003年11月1日起取得的貨物運輸發(fā)票，票面項目必須填寫齊全，特別明確要填有購貨方的名稱和購貨方納稅人識別號，否則視作不規(guī)范發(fā)票。這源自《貨物運輸業(yè)營業(yè)稅征收管理試行辦法》中運輸發(fā)票填寫要求規(guī)定，自開票納稅人和代開票單位必須按照規(guī)定逐欄、如實填開貨物運輸發(fā)票，凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運輸發(fā)票，必須填寫該納稅人的名稱和納稅人識別號，它是運輸發(fā)票人工采集、網(wǎng)絡傳輸、電腦比對的重要要素。

(三)人工采集《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》信息及報送。

納稅人取得需要計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發(fā)票，必須逐票填寫《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》，同時采用國家稅務總局統(tǒng)一開發(fā)并免費提供使用的“貨物運輸發(fā)票信息采集軟件(一般納稅人版)【納稅人可從國家稅務總局網(wǎng)站】

(四)“自開票之日起90天”的抵扣時間。

納稅人取得的2003年10月31日以后開具的運輸發(fā)票，從自開票之日起90天內向主管國家稅務局申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。該“90天”指公歷日期90天(3個月時間)，與增值稅防偽稅控專用發(fā)票認證時間相同。納稅人取得的2003年10月31日以前開具的運輸發(fā)票，必須在2004年1月31日前抵扣完畢，逾期不再抵扣。在辦理申報抵扣時，必須報送《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》。由此可見，運輸發(fā)票增值稅抵扣允許在一定時間內采用先抵扣后比對，不再執(zhí)行工業(yè)生產(chǎn)企業(yè)購進貨物是否已入庫，商業(yè)企業(yè)是否已付款的規(guī)定。

(五)《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》與納稅申報資料的相關關系。

填寫或審核時要注意《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》中的“合計”欄“允許計算抵扣的運費金額、計算抵扣的進項稅額”項數(shù)據(jù)必須與《增值稅納稅申報表附列資料(表二)》中第8欄“7%扣除率”的“金額、稅額”項數(shù)據(jù)保持一致。

(六)法律責任。

從2003年12月1日起，國家稅務局對增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發(fā)票與營業(yè)稅納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票進行比對。比對不符的，一律不予抵扣。對比對異常情況由稽查部門進行稽查，經(jīng)查實確有問題的，由主管稅務局追回已抵扣稅款，并按《中華人民共和國稅收征收管理法》等有關規(guī)定進行處罰。

(七)統(tǒng)一規(guī)范的運輸發(fā)票樣式和內容。

這次《貨物運輸業(yè)營業(yè)稅征收管理試行辦法》規(guī)定了貨物公路、內河運輸發(fā)票在全國范圍統(tǒng)一樣式和內容，規(guī)定貨物公路、內河運輸企業(yè)必須使用全國統(tǒng)一的運輸發(fā)票(具體啟用時間待定)，并規(guī)定了鐵路運輸、航空運輸、海洋運輸?shù)呢浳镞\輸業(yè)發(fā)票的格式和內容。也即是說，增值稅一般納稅人即將取得全國規(guī)范的運輸發(fā)票，長期以來各地貨物運輸業(yè)發(fā)票存在的名稱、格式、項目五花八門，運輸費用與其他雜費難于劃分的問題將有望得到解決。

(八)新規(guī)定適用于提供公路、內河運輸勞務的運輸單位自行開具的運輸發(fā)票、運輸單位主管地方稅務局及省級地方稅務局委托的代開發(fā)票。

中介機構為運輸單位和個人代開的運輸發(fā)票計算申報抵扣進項稅額，增值稅一般納稅人購進貨物取得的防偽稅控專用發(fā)票票面列有運輸費用的，按照防偽稅控增值稅專用發(fā)票抵扣有關規(guī)定辦理。