由于相關(guān)法規(guī)及辦法對履約保證金的收取與管理沒有規(guī)定，具體操作時沒有統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，各地的操作方法都不一樣，一般的做法都是把保證金交給集中采購機(jī)構(gòu)，但是交付的金額與時間，有效期，退還時間有些不同。有些地方把履約保證金作為合同生效的條件，在接到中標(biāo)通知書后7天內(nèi)，中標(biāo)人應(yīng)按合同規(guī)定向業(yè)主提交履約保證金或履約保函。在供需雙方和采購中心法定代表人或其授權(quán)代理人簽字并加蓋公章并且需方收到供方提交的履約保證金后合同生效。履約保證金金額有些地方是中標(biāo)合同價的5%以內(nèi)，有些地方是中標(biāo)合同價的10%以內(nèi)，施工履約保證金金額有些地方規(guī)定為中標(biāo)價的2O%。

履約保證金退還的時間做法也有所不同，基本上不計利息退還。如采購的是貨物，有些地方是經(jīng)采購人驗收合格之日起3個工作日內(nèi)返還，不計利息，也有2O個工作日內(nèi)返還的。有些地方規(guī)定貨物經(jīng)采購人驗收合格交付之日后不計利息退還。工程履約保證金的有效期直至工程竣工驗收合格備案后的第2天，在此期間中標(biāo)人出現(xiàn)按施工合同應(yīng)對業(yè)主給付經(jīng)濟(jì)賠償?shù)那闆r時，業(yè)主有權(quán)從履約保證金中取得賠償金額;余額由業(yè)主在有效期屆滿后5天內(nèi)按中國建設(shè)銀行同期貸款利率計息后本息全額退還給中標(biāo)人。

不少采購機(jī)構(gòu)在標(biāo)書中注明投標(biāo)人中標(biāo)后投標(biāo)保證金將自動轉(zhuǎn)為履約保證金，一旦投標(biāo)保證金金額偏少時，轉(zhuǎn)入履約保證金階段還要補(bǔ)交。有些采購機(jī)構(gòu)對詢價采購方式規(guī)定，經(jīng)采購人特別要求，可以在詢價標(biāo)段中明確成交供應(yīng)商在簽訂合同時，須向采購人提交不高于成交額10%的履約保證金。采購人未作特別要求的，一般將詢價保證金自動轉(zhuǎn)為履約保證金，額度為成交額的l%，如不足可以要求補(bǔ)繳。對政府采購的定點企業(yè)，有些地方規(guī)定通過扣除履約保證金的制裁措施。有違規(guī)行為的，一經(jīng)調(diào)查屬實，第一次通報批評，并扣履約保證金10%;第二次扣除履約保證金的50%;第三次扣全部履約保證金;第四次通報取消其定點資格，并在三年內(nèi)不得參與政府采購的招標(biāo)活動。

有些地方規(guī)定把履約保證金等同于定金。有些地方規(guī)定招標(biāo)人不得擅自提高履約保證金，招標(biāo)人不履行與中標(biāo)人訂立的合同的，應(yīng)當(dāng)雙倍返還中標(biāo)人的履約保證金;給中標(biāo)人造成的損失超過返還的履約保證金的，還應(yīng)當(dāng)對超過部分予以賠償;沒有提交履約保證金的，應(yīng)當(dāng)對中標(biāo)人的損失承擔(dān)賠償責(zé)任。政府采購中的履約保證金不屬于定金。不論供應(yīng)商是否同意和自愿，采購主體與中標(biāo)供應(yīng)商簽訂合同發(fā)生爭議時援引定金罰則缺乏法律根據(jù)。