1.移送審查起訴。根據刑事訴訟法規(guī)定，公安機關偵查終結的案件，應當做到犯罪事實清楚，證據確實、充分，并且寫出起訴意見書，連同案卷材料、證據一并移送同級人民檢察院審查決定。因此，公安機關在對案件經過一系列的偵查活動后，認為案件事實已經清楚，證據已經確定、充分，依照法律規(guī)定能夠認定嫌疑人確有罪行，需要追究刑事責任的，應當決定將案件終止偵查，移送人民檢察院審查起訴。公安機關對需要追究刑事責任、已經偵查終結的案件，必須做到基本事實清楚，證據確實、充分，達到起訴的基本要求，并且寫出起訴意見書，連同案卷材料、證據一并移送同級人民檢察院審查決定。起訴意見書應當寫清犯罪及所依據的法律條款等;“案卷材料、證據”主要包括舉報、揭發(fā)、控告材料，訊問筆錄，詢問筆錄，勘驗、檢查筆錄，鑒定結論以及物證、書證、視聽資料等。

2.撤銷案件。根據刑事訴訟法規(guī)定，在偵查過程中，發(fā)現(xiàn)不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，應當撤銷案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，應當立即釋放，發(fā)給釋放證明，并且通知原批準逮捕的人民檢察院。所謂“不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任”，是指經偵查查明的事實不是犯罪的事實;或者雖有犯罪事實而不是犯罪嫌疑人所為;或者屬于刑事訴訟法規(guī)定的不追究刑事責任的情形，即情節(jié)顯著輕微、危害不大，不認為是犯罪的;犯罪已過追訴時效期限的;經特赦令免除的;依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的;犯罪嫌疑人死亡的;其他法律規(guī)定免予追究刑事的。公安機關在整個偵查過程中，無論何時發(fā)現(xiàn)不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，都應當按照本條規(guī)定辦理，及時撤銷案件并且立即釋放在押的犯罪嫌疑人，不能久押不放;釋放被逮捕的犯罪嫌疑人，應當及時通知原批準逮捕的人民檢察院。

關于人民檢察院直接偵查案件的處理。根據刑事訴訟法規(guī)定，貪污賄賂犯罪，國家工作人員的瀆職犯罪，國家機關工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查的侵犯公民人身權利的犯罪以及侵犯公民民主權利的犯罪，由人民檢察院立案偵查;對于國家機關工作人員利用職權實施的其他重大的犯罪案件，需要由人民檢察院受理的時候，經省級以上人民檢察院決定，可以由人民檢察院立案偵查。對于人民檢察院直接偵查案件在偵查終結后如何處理，刑事訴訟法作了明確規(guī)定，人民檢察院偵查終結的案件，應當作出提起公訴、不起訴或者撤銷案件的決定。也就是說，人民檢察院偵查終結的案件，根據案件情況可以作出三種決定：一是對于犯罪事實清楚，證據確實、充分，依法應當判處刑罰的，應當制作起訴書，作出提起公訴的決定;二是人民檢察院偵查部門對在偵查中發(fā)現(xiàn)犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有刑事訴訟法第十五條規(guī)定情形之一的，應當作出撤銷案件的決定;三是人民檢察院審查起訴部門對在審查起訴中發(fā)現(xiàn)犯罪嫌疑人沒有犯罪事實，或者有刑事訴訟法第十五條規(guī)定情形之一的，應當作出不起訴的決定。