弊端有如:一是被害人沒有管轄異議權(quán)，實(shí)體權(quán)利容易受損。例如，被告人搶劫了被害人的巨額財(cái)產(chǎn)并導(dǎo)致被害人重傷，在此情況下，應(yīng)由中級(jí)法院進(jìn)行管轄。假如此時(shí)基層法院進(jìn)行了管轄，則可能使被告人獲得比較低的量刑，那么對(duì)被害人來(lái)說(shuō)是極為不公平的，被害人在這種情況下完全可以提出管轄權(quán)異議。二是犯罪嫌疑人和被告人沒有管轄異議權(quán)不能很好地息訴服判。雖然在立法上規(guī)定，刑事訴訟當(dāng)事人是作為刑事訴訟的主體參與到訴訟過程中來(lái)，但是在實(shí)踐中，由于無(wú)論是辦案人員還是一般民眾都容易對(duì)犯罪行為持一種仇視心態(tài)，本能地將犯罪嫌疑人、被告人作為被追究的對(duì)象來(lái)看待，認(rèn)為其就應(yīng)該老實(shí)坦白認(rèn)罪、接受懲罰。管轄權(quán)異議制度作為當(dāng)事人訴權(quán)的擴(kuò)張，很難有發(fā)展空間。但是對(duì)犯罪嫌疑人來(lái)說(shuō)，對(duì)司法機(jī)關(guān)的管轄權(quán)提出異議，使司法機(jī)關(guān)對(duì)其的不當(dāng)追訴失去法律效力，排除司法機(jī)關(guān)不當(dāng)追訴的實(shí)際危害和潛在危險(xiǎn)，是當(dāng)事人行使防御、辯護(hù)權(quán)的主要方式之一。更重要的是，賦予當(dāng)事人提出管轄權(quán)異議的權(quán)利，有助于當(dāng)事人息訴服判，接受法院的裁判。如果當(dāng)事人對(duì)法院的管轄權(quán)有異議而無(wú)救濟(jì)途徑，那么很有可能導(dǎo)致當(dāng)事人的上訴和申訴，反復(fù)地申請(qǐng)?jiān)賹彛瑥亩兿嗟乩速M(fèi)了司法資源。

我國(guó)目前的刑事訴訟法不賦予當(dāng)事人管轄異議權(quán)，是對(duì)當(dāng)事人訴權(quán)的不尊重，損害了當(dāng)事人的合法權(quán)益，有違程序公正的理念。之所以出現(xiàn)這個(gè)現(xiàn)象，無(wú)外乎以下幾個(gè)原因:首先，重打擊犯罪，輕保障人權(quán)。其次，重實(shí)體、輕程序的思想導(dǎo)致對(duì)當(dāng)事人訴權(quán)的保護(hù)意識(shí)不到位。沒有意識(shí)到建立管轄權(quán)異議制度的真正作用在于從程序上賦予當(dāng)事人積極的防御權(quán)，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)公權(quán)力的制約，達(dá)到控辯平衡。

在刑事訴訟中，當(dāng)事人所享有的管轄權(quán)異議的權(quán)利應(yīng)為一項(xiàng)重要的救濟(jì)性程序權(quán)利，它是當(dāng)事人刑事訴訟訴權(quán)的體現(xiàn)，是獲得公平審判權(quán)利的重要保障，有助于法院裁判權(quán)的確定和實(shí)現(xiàn)，有助于當(dāng)事人訴訟權(quán)利的保護(hù)和訴訟地位的提高，也有助于當(dāng)事人對(duì)刑事訴訟的實(shí)際參與和對(duì)刑事程序施加自身的影響。

我國(guó)刑事訴訟法應(yīng)明確規(guī)定當(dāng)事人有權(quán)對(duì)偵查管轄異議提出申請(qǐng)。當(dāng)事人提出偵查管轄異議申請(qǐng)的，偵查機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)用決定書認(rèn)可管轄權(quán)異議或依法決定移送案件，或用決定書駁回異議。對(duì)決定不服的，可以要求復(fù)議一次，意見不被接受的還可以向上一級(jí)偵查機(jī)關(guān)要求復(fù)核。但復(fù)議和復(fù)核期間，偵查機(jī)關(guān)不停止偵查活動(dòng)的進(jìn)行。