菲律賓保障措施主管機關是貿(mào)易和工業(yè)部秘書處;涉及農(nóng)產(chǎn)品保障措施的主管機關為農(nóng)業(yè)部秘書處(上述機構(gòu)簡稱秘書處)。秘書處作為保障措施主管機關除主管保障措施工作外還承擔有關保障措施的咨詢、指導和技術(shù)支持等方面的工作。另外菲律賓關稅委員會執(zhí)行保障措施的正式調(diào)查。根據(jù)菲律賓保障措施法及其實施規(guī)則，菲律賓保障措施調(diào)查的分工及程序主要有幾個方面，包括一般保障措施的發(fā)起、初裁決定和臨時保障措施、正式調(diào)查和產(chǎn)業(yè)損害裁定、最終措施決定和最終保障措施。

一、一般保障措施的發(fā)起

菲律賓一般保障措施的發(fā)起有幾個途徑：(1)根據(jù)申請人的申請而發(fā)起;(2)根據(jù)總統(tǒng)的請求而發(fā)起;(3)根據(jù)上議院或下議院農(nóng)業(yè)委員會或貿(mào)易商業(yè)委員會的決議而發(fā)起;(4)如果沒有申請，但有證據(jù)證明某種產(chǎn)品的進口構(gòu)成國內(nèi)產(chǎn)業(yè)受到嚴重損害或嚴重損害威脅的實質(zhì)原因時，秘書處也可以自行發(fā)起保障措施調(diào)查。

菲律賓任何自然人或法人，如果能夠代表國內(nèi)產(chǎn)業(yè)都可以向秘書處提出保障措施調(diào)查書面申請，請求采取措施以補救國內(nèi)產(chǎn)業(yè)因進口增加所受到的嚴重損害，或阻止嚴重損害威脅的發(fā)生。申請人在提交書面申請時應同時提交國內(nèi)相似或直接競爭產(chǎn)品的進口產(chǎn)品的進口數(shù)量增加、國內(nèi)產(chǎn)業(yè)陷入嚴重損害境況或面臨嚴重損害威脅、產(chǎn)品進口數(shù)量增加和國內(nèi)產(chǎn)業(yè)損害之間存在因果關系的證據(jù)。申請人提出保障措施調(diào)查申請的同時尋求臨時保障措施的，申請人應當說明存在實施臨時保障措施的緊急情況及其相關信息，包括：請求實施臨時保障措施的聲明、繼續(xù)進口在后續(xù)60天內(nèi)給國內(nèi)產(chǎn)業(yè)造成的影響、請求采取臨時保障措施的措施形式和內(nèi)容，包括所尋求提高關稅的類型和提高幅度。保障措施的書面申請應當在貿(mào)易和工業(yè)部秘書處進行登記，涉及農(nóng)業(yè)產(chǎn)品的應當在農(nóng)業(yè)部秘書處進行登記。