1、丟失發(fā)票聯(lián)的處理：使用專用發(fā)票抵扣聯(lián)到主管稅務機關(guān)(正常)認證，將專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，并用專用發(fā)票抵扣聯(lián)復印件留存?zhèn)洳?。開票方和稅局無需特殊處理。

2、丟失抵扣聯(lián)的處理：可使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)到主管稅務機關(guān)認證，將專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)作為記賬憑證，專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳?。無需開票單位作任何處理，稅局在認證時以發(fā)票聯(lián)作為抵扣認證依據(jù)。

3、丟失發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的處理：購買方憑銷售方提供的相應專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件到主管稅務機關(guān)進行認證，認證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務機關(guān)審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。開票方需要復印發(fā)票復印件，并由開票方稅局開具《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》;再由收票方主管稅務機關(guān)審核同意后，才可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

4、丟失記賬聯(lián)的處理：一般來說，如果發(fā)票開出后尚未寄出，可(開票單位)將發(fā)票的發(fā)票聯(lián)復印，作為記賬憑證;若已寄出，則從金稅卡中重新打印一次，作為記賬憑證。無需稅局和收票單位作任何處理。

5、丟失全聯(lián)次處理：一般是結(jié)合3和4的處理方式合并進行處理。

二、發(fā)票開出已認證：

1、丟失發(fā)票聯(lián)的處理：使用專用發(fā)票抵扣聯(lián)作記賬憑證，使用專用發(fā)票抵扣聯(lián)復印件留存?zhèn)洳?，其他無需作單獨處理。

2、丟失抵扣聯(lián)的處理：使用專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳?，其他無需作單獨處理。

3、丟失發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的處理：開票方需要復印發(fā)票復印件，并由開票方稅局開具《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》;再由收票方主管稅務機關(guān)審核同意后，才可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

4、丟失記賬聯(lián)的處理：一般來說，如果發(fā)票開出后尚未寄出，可(開票單位)將發(fā)票的發(fā)票聯(lián)復印，作為記賬憑證;若已寄出，則從金稅卡中重新打印一次，作為記賬憑證。無需稅局和收票單位作任何處理。

5、丟失全聯(lián)次處理：一般是結(jié)合3和4的處理方式合并進行處理。

開票方和收票方-應完善發(fā)票管理和保管傳遞制度，保證發(fā)票在各個范圍內(nèi)不遺失;選擇適當?shù)陌l(fā)票傳遞方式，如專門送達或其他安全的郵遞方式進行傳送，并及時跟蹤，保證發(fā)票在傳遞過程中的安全。