公司合并與股權(quán)收購(gòu)作為兩種不同的法律行為，存在很重大的區(qū)別：

1、主體不同

公司合并是公司間的行為，主體是參加合并的各公司。公司合并要由參加合并的各公司作出決議，要有合并各方公司簽訂協(xié)議。股權(quán)收購(gòu)是收購(gòu)公司與目標(biāo)公司的股東之間的交易行為，主體是收購(gòu)公司與目標(biāo)公司股東。 協(xié)議收購(gòu)中，收購(gòu)方要與目標(biāo)公司的股東訂立協(xié)議;要約收購(gòu)中，收購(gòu)方要向全體股東發(fā)出要約。不論哪種方式，股份的出售者都是目標(biāo)公司股東。與此相連的是股份收購(gòu)決策的分散型和交易的困難性 。

2、效力不同

公司合并的效力使公司實(shí)體發(fā)生變化，被并公司解散，喪失法律人格。吸收合并中，被吸收的公司解散，喪失法律人格，并入存續(xù)公司。新設(shè)合并中，各方都解散，喪失法律人格，新設(shè)公司取代合并各公司。

收購(gòu)的效力使目標(biāo)公司控股股東發(fā)生變化，目標(biāo)公司本身不發(fā)生變化，依然存續(xù)。在股權(quán)收購(gòu)中，收購(gòu)方成為目標(biāo)公司的控股股東，目標(biāo)公司作為收購(gòu)方的控股子公司而存在。在整個(gè)收購(gòu)中，收購(gòu)方成為目標(biāo)公司唯一的股東，目標(biāo)公司作為收購(gòu)方的公司而存在。在整個(gè)收購(gòu)中，收購(gòu)方成為目標(biāo)公司的唯一股東，目標(biāo)公司作為收購(gòu)方的全資子公司而存在。

于此相連，權(quán)利義務(wù)的承擔(dān)也不同。公司合并中解散公司的權(quán)利義務(wù)由合并后存續(xù)公司和新設(shè)公司承擔(dān)，公司收購(gòu)中，目標(biāo)公司本身未發(fā)生變化，并未喪失法律人格，其權(quán)利義務(wù)由目標(biāo)公司自身承擔(dān)。

3、性質(zhì)不同

公司合并須由雙方達(dá)成合并協(xié)議，是雙方平等協(xié)商、資源合作的結(jié)果。合并公司與被合并公司處于“友好”關(guān)系中。雙方平等自愿協(xié)商的結(jié)果，合并雙方表面上也呈“友好”關(guān)系狀態(tài)。在股權(quán)收購(gòu)中，收購(gòu)者與被收購(gòu)的目標(biāo)公司的關(guān)系就不盡一樣。當(dāng)被收購(gòu)公司的管理層對(duì)收購(gòu)響應(yīng)并積極配合時(shí)，收購(gòu)就成“友好”收購(gòu)性質(zhì)。當(dāng)被收購(gòu)公司管理層拒絕、阻礙收購(gòu)時(shí)，收購(gòu)就呈“敵意”收購(gòu)性質(zhì)。

4、控制程度不同

公司合并中，被并公司完全并入存續(xù)公司或新設(shè)公司，后者取得被并公司的全部財(cái)產(chǎn)、權(quán)利義務(wù)，被并公司作為存續(xù)公司、新設(shè)公司的一部分而完全受其控制。股權(quán)收購(gòu)中，收購(gòu)方既可以收購(gòu)目標(biāo)公司的全部股份，進(jìn)而完全控制目標(biāo)公司，也可以只收購(gòu)的目標(biāo)公司50%以上的股份，而取得對(duì)目標(biāo)公司的控制權(quán)，實(shí)現(xiàn)擁有控制權(quán)下的“合資經(jīng)營(yíng)”。

5 、程序和法律適用不同

公司合并作為一種法定合并，要嚴(yán)格遵守法定程序，包括董事會(huì)提出合并方案;股東會(huì)對(duì)合并做出特別決議;合并雙方簽訂合并協(xié)議;實(shí)施債權(quán)人保護(hù)程序;辦理合并登記等。

股權(quán)收購(gòu)則不需要履行上述程序，不須取得目標(biāo)公司管理層、權(quán)力機(jī)構(gòu)的同意，不需要債權(quán)人保護(hù)程序等。上市公司股權(quán)收購(gòu)主要履行證券法規(guī)定的有關(guān)程序。采取協(xié)議收購(gòu)方式，收購(gòu)人依照法律規(guī)定同被收購(gòu)公司的股東簽訂股權(quán)轉(zhuǎn)讓協(xié)議，向證券管理部門及證券交易所報(bào)告并于公告后，履行收購(gòu)協(xié)議。采取要約收購(gòu)方式的，收購(gòu)方持有被收購(gòu)股份時(shí)，應(yīng)進(jìn)行報(bào)告和公告，持有股份超過(guò)30%繼續(xù)收購(gòu)的，則要發(fā)出收購(gòu)要約，在收購(gòu)要約期限(30-60日)完成收購(gòu)。非上市公司之間的收購(gòu)，屬于股東轉(zhuǎn)讓出資、股份的行為，使用公司法關(guān)于股東轉(zhuǎn)讓股份、出資的規(guī)定。根據(jù)我國(guó)公司法的規(guī)定，有限公司中，股東可以相互轉(zhuǎn)讓其全部或者部分出資股東向股東以外的人轉(zhuǎn)讓出資，必須經(jīng)全體股東大會(huì)半數(shù)同意;不同意轉(zhuǎn)讓的股東應(yīng)當(dāng)購(gòu)買該轉(zhuǎn)讓的出資，若不購(gòu)買該轉(zhuǎn)讓的出資，視為同意轉(zhuǎn)讓。非上市公司的收購(gòu)，也要有收購(gòu)方與目標(biāo)公司的股東簽訂并履行股權(quán)轉(zhuǎn)讓協(xié)議。