行政訴訟舉證責(zé)任的確立直接源于《行政訴訟法》的明文規(guī)定。但法律并不是隨意加以制定的，這一條文的背后蘊(yùn)含著深厚的法理基礎(chǔ)：

第一，被告負(fù)舉證責(zé)任是依法行政原則的應(yīng)有內(nèi)涵。依法行政原則是行政法的基本原則。依法行政原則要求行政機(jī)關(guān)行使行政職權(quán)必須依據(jù)法律、符合法律，不得與法律相抵觸。行政機(jī)關(guān)作出行政行為不僅要依據(jù)實體法，而且要依據(jù)程序法，即行政行為必須符合法定程序。行政行為符合法定程序的一個最基本規(guī)則是"先取證，后裁決"，即行政機(jī)關(guān)在作出裁決之前，應(yīng)當(dāng)充分收集證據(jù)，然根據(jù)事實、對照法律作出裁決，而不能在毫無證據(jù)的情況下，對公民、法人或者其他組織作出行政行為。因此，當(dāng)行政機(jī)關(guān)作出的行政行為被訴至法院時，應(yīng)當(dāng)能夠有充分的證據(jù)證明其合法性。這是被告承擔(dān)行政訴訟舉證責(zé)任的基礎(chǔ)。

第二，作為被告的行政機(jī)關(guān)與原告相比具有舉證優(yōu)勢。在行政程序中，行政機(jī)關(guān)處于主動地位，一般情況下，依其單方面意思表示即能引起行政法律關(guān)系的發(fā)生、變更或消滅;而公民、法人或者其他組織則處于被動地位。由于行政法律關(guān)系中雙方當(dāng)事人地位的不同，原告無法或者很難收集到證據(jù)，即使收集到，也可能難以保全。在一些特定情況下，原告甚至幾乎沒有舉證能力。相對于原告而言，具備專業(yè)知識和技術(shù)條件的行政機(jī)關(guān)則具有更優(yōu)越、更現(xiàn)實、更充分的舉證能力。拉丁法諺云："法律不強(qiáng)人所難".因此，從舉證難易方面來考慮，由被告負(fù)舉證責(zé)任是公允、合理的。

第三，由被告負(fù)舉證責(zé)任并不違背"誰主張、誰舉證"的一般原理，而恰恰是這一原理在行政訴訟領(lǐng)域的特殊體現(xiàn)。從形式上來看，原告似乎處于主張者的位置，它主張的是某一特定具體行政行為的違法性。但是，從事物的內(nèi)在規(guī)定性來看，"違法性"是對"合法性"的否定。合法性屬于積極事實，違法性屬于消極事實。積極事實是肯定自身而否定外在的一切事實，范圍較小，容易記明;消極事實是否定自身而肯定外在的一切事實，范圍較大，難以證明。從公平原則和揭示案件事實真相的理想要求的角度出發(fā)，立法者通常規(guī)定，對于一物兩面的事實，由主張積極事實的當(dāng)事人而不是由主張消極事實的當(dāng)事人負(fù)擔(dān)舉證責(zé)任。把行政訴訟程序和先前的行政程序聯(lián)系起來看，提出積極事實，主張具體行政行為具有合法性的正是作出該行為的被告行政機(jī)關(guān)，被告行政機(jī)關(guān)當(dāng)然應(yīng)該提出證據(jù)負(fù)責(zé)證明其主張的成立。

第四，由被告負(fù)舉證責(zé)任，還有立法政策上的考量和行政導(dǎo)向方面的意義。如前所述，從法律設(shè)置舉證責(zé)任的目的來看，主要是為了解決當(dāng)案件事實處于真?zhèn)尾幻鳡顟B(tài)時，法院應(yīng)當(dāng)如何作出裁判的問題，即解決這種真?zhèn)尾幻鳡顟B(tài)引起的不利訴訟結(jié)果的歸屬問題。在訴訟中，法院要依據(jù)相關(guān)的實體法來確認(rèn)當(dāng)事人主張的權(quán)利或法律關(guān)系是否存在，而這種確認(rèn)又必須借助對一定案件事實存在與否的判斷來完成。但是，并非所有的事實都能夠查明，事實真?zhèn)尾幻魇且环N無法避免的客觀存在。當(dāng)真實真?zhèn)尾幻鲿r，訴訟不能就此無限期拖延下去，法院仍然需要適用法律對案件作出裁判。隨之而來的問題是，法院應(yīng)當(dāng)假定該不明事實存在，還是假定其不存在?這是作出裁判前必須作出的選擇。解決這一棘手問題的合理辦法是設(shè)置推定規(guī)則，即當(dāng)基礎(chǔ)事實(已知事實)存在時，法律推定另一事實(未知事實)存在或者不存在。

事實上，法院的審判活動不僅僅是一種查明案件事實真相的認(rèn)識活動，而且更是一種選擇和實現(xiàn)法律價值的過程。行政訴訟要解決的問題是具體行政行為是否合法，從行政訴訟的立法目的即保護(hù)公民、法人和其他組織的合法權(quán)益出發(fā)，擺在立法者面前的唯一合理的選擇是設(shè)置被訴具體行政行為違法推定原則：當(dāng)行政機(jī)關(guān)的具體行政行為被訴至法院時，法律推定被訴具體行政行為是違法的，除非行政機(jī)關(guān)能夠提供充分的證據(jù)推翻推定事實(具體行政行為違法)的存在，即行政機(jī)關(guān)以證據(jù)證明所作出的具體行政行為是合法的。當(dāng)行政機(jī)關(guān)不提供或不能提供證據(jù)證明具體行政行為合法而使該案事實處于真?zhèn)尾幻鳡顟B(tài)時，法院只能判決行政機(jī)關(guān)承擔(dān)敗訴的后果。由被告承擔(dān)舉證責(zé)任所具有的行政導(dǎo)向方面的意義在于，有利于督促行政機(jī)關(guān)依法行政、促使其嚴(yán)格遵守"先取證，后裁決"的程序規(guī)則，以充分實現(xiàn)行政訴訟法的立法目的。