首先，兩者的制作主體不同。對(duì)交通事故作出責(zé)任認(rèn)定實(shí)際上是公安機(jī)關(guān)依據(jù)法律行使行政職權(quán)的行為。從實(shí)際看，公安機(jī)關(guān)在處理交通事故時(shí)，首先以行政案件立案，此時(shí)公安機(jī)關(guān)并不是刑事案件的偵查機(jī)關(guān)，而是處理交通肇事案件的行政機(jī)關(guān)。鑒定結(jié)論是受公安司法機(jī)關(guān)指派或聘請(qǐng)的鑒定人依據(jù)自己的專業(yè)知識(shí)作出的科學(xué)判斷，完全不同于公安機(jī)關(guān)依據(jù)職權(quán)作出的結(jié)論。

其次，兩者存在的階段不同。從上面我們可以看出責(zé)任認(rèn)定書是在行政處理階段中出現(xiàn)的，而鑒定結(jié)論恰恰是出現(xiàn)在刑事訴訟階段中的。

再次，從責(zé)任認(rèn)定書的內(nèi)容看，責(zé)任認(rèn)定書不宜作為鑒定結(jié)論。鑒定結(jié)論是鑒定人對(duì)專門性問題從科學(xué)技術(shù)角度提出的分析判斷意見，而不是對(duì)直接感知或傳聞的案情事實(shí)的客觀陳述。而責(zé)任認(rèn)定書就是根據(jù)當(dāng)事人的違章行為與交通事故之間的因果關(guān)系，以及違章行為在交通事故中的作用，認(rèn)定當(dāng)事人的交通事故責(zé)任。案件的基本情況是責(zé)任認(rèn)定書的重要內(nèi)容之一，而且是必要的組成部分。

另外，從證據(jù)效力看，責(zé)任認(rèn)定書也不宜為鑒定結(jié)論。責(zé)任認(rèn)定書的內(nèi)容是違章情節(jié)、危害結(jié)果以及兩者之間的因果關(guān)系，最后判斷雙方的責(zé)任。而這一點(diǎn)也是交通肇事罪的構(gòu)成要件中重要的一環(huán)。對(duì)人民檢察院和人民法院來說，對(duì)當(dāng)事人違章行為、危害后果以及其中因果關(guān)系的確認(rèn)，是審查的重要內(nèi)容，也是法律賦予的職權(quán)。也就是說，人民檢察院和人民法院有權(quán)對(duì)責(zé)任認(rèn)定書作出審查，判斷責(zé)任認(rèn)定書的有效、無效。所以，起訴書、判決書的文書內(nèi)容不受責(zé)任認(rèn)定書的限制。而鑒定結(jié)論一般客觀性比較強(qiáng)，對(duì)案件中專門性問題的證明是其他證據(jù)無法取代的。一般而言，除非出現(xiàn)一些特殊情況，如鑒定人的資格問題、鑒定人的徇私舞弊行為等等，鑒定結(jié)論很少被推翻。

最后，公安機(jī)關(guān)一方面作為交通事故處理的行政機(jī)關(guān)，作出了責(zé)任認(rèn)定，另一方面，它又以此作為交通肇事刑事案件立案以及判斷犯罪嫌疑人有罪的證據(jù)，難以保證該責(zé)任認(rèn)定書的公正性。