一是監(jiān)管的法律法規(guī)不健全。目前農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全監(jiān)管的主要法律依據(jù)是《農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全法》和2009年實施的《食品安全法》，但與之相配套的地方性法律法規(guī)和實施細則缺位。比如,如何進一步明確部門監(jiān)管界限，完善各環(huán)節(jié)的銜接措施，分段把好質(zhì)量安全源頭關(guān)、生產(chǎn)關(guān)、流通關(guān)、入口關(guān)，全面落實質(zhì)量安全各個環(huán)節(jié)的監(jiān)管責任，實行全程監(jiān)管。各職能部門如何加強主動溝通，配合協(xié)作，各司其職，做到不缺位、不越位、不錯位。明確對不合格農(nóng)產(chǎn)品退市制度的法律依據(jù)等。

二是監(jiān)管機構(gòu)和隊伍不健全。目前，全省除杭州市、金華市外，其他9個地區(qū)市、縣兩級都未設(shè)立農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)管專職機構(gòu)，監(jiān)管職能掛靠在科教、產(chǎn)業(yè)、執(zhí)法大隊、檢測站、綠色食品辦等處室，至于鄉(xiāng)鎮(zhèn)一級更是薄弱，農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全監(jiān)管人員大多身兼數(shù)職。由于管理機構(gòu)不全、人員不足，工作缺乏系統(tǒng)性、整體性，造成指導服務(wù)不力，以致違法使用添加禁用物質(zhì)、濫用農(nóng)業(yè)投入品、質(zhì)量檢測不合格等現(xiàn)象經(jīng)常出現(xiàn)，政府針對農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全事件處置難以擺脫“見招拆招”的被動局面。

三是監(jiān)管溝通協(xié)調(diào)機制不健全。農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全監(jiān)管涉及生產(chǎn)、流通、消費多個環(huán)節(jié)，需要多部門溝通協(xié)調(diào)。省食品安全委員會承擔全省食品安全工作的綜合協(xié)調(diào)職能，但食品安全的范圍較廣，農(nóng)產(chǎn)品與其它食品質(zhì)量監(jiān)管要求不同，目前省食安委各成員單位在農(nóng)產(chǎn)品監(jiān)管方面未形成有效機制，協(xié)同作戰(zhàn)合力不夠，監(jiān)管合力不足。如2009年3月省內(nèi)某新聞媒體刊登了“我省半數(shù)黑木耳、香菇重金屬超標”的報道，并稱該消息來源于浙江省食品安全報告，后經(jīng)了解情況，確認該消息為錯報。這暴露了目前食品安全監(jiān)管相關(guān)部門之間的溝通協(xié)調(diào)機制不到位。