舊《條例》第二十七條明文規(guī)定，凡已經(jīng)辦理登記的軟件，在軟件權(quán)利發(fā)生轉(zhuǎn)讓活動時，受讓方應(yīng)當(dāng)在轉(zhuǎn)讓合同正式簽訂后3個月內(nèi)向軟件登記管理機(jī)構(gòu)備案，否則不能對抗第三者的侵權(quán)活動。該條頒布實(shí)施時曾經(jīng)在實(shí)踐中引起爭議：一種觀點(diǎn)認(rèn)為，軟件轉(zhuǎn)讓合同如果在3個月內(nèi)不予備案，則轉(zhuǎn)讓合同不發(fā)生法律效力，即使 是已經(jīng)實(shí)際履行的也不影響合同的無效;另一種觀點(diǎn)則認(rèn)為，軟件轉(zhuǎn)讓合同雖然沒有備案，但是在軟件轉(zhuǎn)讓合同雙方當(dāng)事人之間轉(zhuǎn)讓已經(jīng)發(fā)生法律效力，不過不能對 抗第三人。

現(xiàn)行《條例》第二十一條對此的規(guī)定是，軟件轉(zhuǎn)讓合同“可以”向國務(wù)院著作權(quán)行政管理部門認(rèn)定的軟件登記機(jī)構(gòu)登記(國家版權(quán) 局主管全國軟件著作權(quán)登記管理工作，國家版權(quán)局認(rèn)定中國版權(quán)保護(hù)中心為軟件登記機(jī)構(gòu)。經(jīng)國家版權(quán)局批準(zhǔn)，中國版權(quán)保護(hù)中心可以在地方設(shè)立軟件登記辦事機(jī) 構(gòu))，強(qiáng)調(diào)的是自愿登記原則。

該規(guī)定的合理性表現(xiàn)在：

一、充分尊重當(dāng)事人的意思自治，體現(xiàn)了國家對私權(quán)的尊重;另外從實(shí)際情況看，國家進(jìn)行了幾次的機(jī)構(gòu)改 革，原來的軟件轉(zhuǎn)讓合同登記管理機(jī)構(gòu)已幾經(jīng)轉(zhuǎn)換;

二、減輕了政府相關(guān)部門的負(fù)擔(dān)，符合入世后政府職能轉(zhuǎn)變的大的趨勢;

三、避免了司法部門在審理案件時因?yàn)?軟件轉(zhuǎn)讓合同是否生效而產(chǎn)生的分歧，有利于法制的統(tǒng)一。

故在實(shí)踐中應(yīng)當(dāng)充分認(rèn)識和掌握現(xiàn)行《條例》對軟件轉(zhuǎn)讓合同登記已經(jīng)由舊《條例》的強(qiáng)制登記改為自愿登記，準(zhǔn)確把握軟件轉(zhuǎn)讓合同是否登記本身并不影響該轉(zhuǎn)讓合同的效力。