目前的管轄權(quán)異議制度具有明顯的行政職權(quán)特征，在提出條件、處理程序、證據(jù)提出及質(zhì)證、認證等方面都缺乏詳盡的規(guī)定，致使在司法實踐中出現(xiàn)了當事人濫用管轄權(quán)異議權(quán)利、訴訟過分遲延、處理程序不規(guī)范和當事人喪失自主決定權(quán)等問題，一方面妨礙了正常的訴訟活動，另一方面也招致了部分當事人的不滿。主要表現(xiàn)在：

(一)民事訴訟法第三十八條只規(guī)定了當事人可以在提交答辯狀期間提出管轄權(quán)異議，《訴訟費用交納辦法》規(guī)定管轄權(quán)異議不成立的每件交納50至100元，而至于異議的提出條件和相關(guān)證據(jù)材料等方面都未作要求，正因為提出管轄權(quán)異議的門檻過低，且成本微乎其微，導致了司法實踐中管轄權(quán)異議申請無序的狀態(tài)。部分當事人很容易運用管轄異議權(quán)拖延訴訟進程，或者以提出管轄權(quán)異議來迫使原告接受不利的調(diào)解方案。甚至部分管轄權(quán)十分明晰的案件，當事人為達到拖延訴訟的目的，也提出管轄權(quán)異議，通過漫長的管轄權(quán)異議處理過程，遲滯原告權(quán)利的依法保護，甚至利用此期間轉(zhuǎn)移、變賣其可供執(zhí)行的財產(chǎn)。

(二)異議處理程序不規(guī)范，導致人民法院審查程序無法可依，程序不夠透明。

按照人民法院的普遍做法，被告人申請管轄權(quán)異議都是直接向案件的承辦法官提出，由處理案件的審判組織—合議庭或者獨任審判員一并審查處理，二審則由立案庭負責審查處理。因為管轄權(quán)異議的審查處理程序缺少法律規(guī)范，有的法院采用書面審查，有的法院采用聽證審查，有的法院由法官調(diào)查取證，有的法院將舉證責任判歸當事人，甚至同一法院也有不同的做法，通過這些審查程序雖然最終處理了案件，但由于不夠統(tǒng)一規(guī)范，讓法官和當事人都無所適從。在實踐中，少數(shù)法院在當事人提出管轄權(quán)異議后，拒絕裁定，而是依職權(quán)將案件移送有管轄權(quán)的法院，致使部分當事人不滿，四處上訪告狀，甚至拒絕到有管轄權(quán)的法院立案訴訟，導致一些管轄權(quán)轉(zhuǎn)移的案件長期得不到處理解決。

(三)異議處理方式過于書面化，對證據(jù)的舉證、質(zhì)證和認證沒有統(tǒng)一規(guī)范，致使部分案件的處理結(jié)果脫離實際，導致當事人的強烈不滿。

根據(jù)民事訴訟法第三十八條的規(guī)定，法院對當事人提出的異議應當審查，但是對審查的形式未予以明確。實踐中，往往在把管轄異議申請送達給原告后，僅僅依據(jù)雙方當事人提供的證據(jù)材料進行書面審查，而不是運用審理程序進行審理，甚至極少數(shù)法官不將管轄權(quán)異議書通知原告，就依職權(quán)進行了審查處理，致使最終結(jié)果與客觀實際相脫離。在管轄權(quán)異議案件的處理過程中，常常是只進行形式審查，相關(guān)證據(jù)材料根本不經(jīng)舉證、質(zhì)證和認證。異議處理方式的書面化和行政化，一方面違背了依證據(jù)審理案件的基本法理。法官在審理案件時應當給予雙方當事人充分的攻擊和辯論的機會，使原被告雙方提供的確定管轄的證據(jù)經(jīng)歷必要的質(zhì)證過程，然后再去偽存真，作出裁定。正因為如此，民事訴訟法第六十六條明確規(guī)定，證據(jù)應當在法庭上出示，并由當事人互相質(zhì)證。另一方面是為惡意規(guī)避管轄提供了方便之門。當事人可以利用法院審查不進行對立辯論和質(zhì)證的特點，通過涂改和添加有關(guān)管轄的內(nèi)容，或者通過其他一些非法手段偽造證據(jù)，騙取相關(guān)法院的管轄權(quán)。

(四)人民法院確定管轄過于職權(quán)化，忽視了當事人在管轄權(quán)異議案件中的訴訟權(quán)利。

在裁定異議成立后，法院依職權(quán)自行移送有管轄權(quán)的法院。當受移送的人民法院認為受移送的案件依照規(guī)定不屬于該院管轄時，報請上級法院指定管轄，上級法院指定由哪個法院審理的，該案最終就由指定的法院審理。在確定有管轄權(quán)的法院的過程中，相關(guān)法院的操作程序根本不考慮當事人選擇法院管轄的權(quán)利，原告不能積極參與異議解決程序。這就導致了在很多時候，最終的管轄法院與原被告的選擇或者與案件缺少關(guān)聯(lián)性，這導致了許多案件的訴訟成本增加，忽視了當事人在管轄權(quán)異議案件中的權(quán)利。