1、當(dāng)事人之間權(quán)利義務(wù)的關(guān)系不同

合作開發(fā)合同，當(dāng)事人之間的權(quán)利義務(wù)是平行的，即當(dāng)事人都承擔(dān)類似的義務(wù)，又都有權(quán)請(qǐng)求和監(jiān)督另一方履行相應(yīng)的義務(wù)。

委托開發(fā)合同，當(dāng)事人之間的權(quán)利義務(wù)是相對(duì)的，這與一般的雙務(wù)合同相同，即委托人的主要義務(wù)也就是研究開發(fā)人的主要權(quán)利;研究開發(fā)人的主要義務(wù)即委托人所享有的權(quán)利。

2、當(dāng)事人進(jìn)行研究開發(fā)工作的方式不同

合作開發(fā)合同的當(dāng)事人共同參加研究開發(fā)工作，具體表現(xiàn)為，合作各方可以共同進(jìn)行全部的研究開發(fā)工作，也可以按合同的約定進(jìn)行分工，分別承擔(dān)不同階段或不同部分的研究開發(fā)工作。

委托開發(fā)合同，則是一方進(jìn)行物質(zhì)投資和經(jīng)費(fèi)投入，另一方從事研究開發(fā)。

與此相聯(lián)系，二者的合同主體也不同。合作開發(fā)合同，當(dāng)事人各方大多為專門從事研究開發(fā)工作的科研單位，而委托開發(fā)合同，則一般是科研單位與企業(yè)之間的合作。

3、合同當(dāng)事人簽約目的不同

合作開發(fā)合同，當(dāng)事人之間的權(quán)利義務(wù)關(guān)系是共同的，各方的目的是一致的，通過研究開發(fā)取得的成果是共有的，可以是共同共有，也可以是按份共有。

委托開發(fā)合同，委托人提供投資供另一方研究開發(fā)，其目的是為獲得研究開發(fā)成果，用于其生產(chǎn)領(lǐng)域，獲取經(jīng)濟(jì)效益;研究開發(fā)人從事研究開發(fā)工作的目的是為了獲取報(bào)酬。委托開發(fā)合同的成果所有權(quán)依合同的約定在當(dāng)事人之間進(jìn)行不同程度的分享。

4、合同當(dāng)事人分擔(dān)風(fēng)險(xiǎn)的原則不同

合作開發(fā)合同，研究開發(fā)過程中出現(xiàn)的風(fēng)險(xiǎn)通常由各方當(dāng)事人共同承擔(dān);委托開發(fā)合同，其開發(fā)風(fēng)險(xiǎn)則一般由委托人承擔(dān)，也可依合同約定由雙方分擔(dān)。

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