菲律賓保障監(jiān)督的主管當(dāng)局是貿(mào)易和工業(yè)部秘書(shū)處；涉及農(nóng)產(chǎn)品保障措施的主管當(dāng)局是農(nóng)業(yè)部秘書(shū)處（上述組織稱(chēng)為秘書(shū)處）。秘書(shū)處作為保障措施的主管部門(mén)，不僅負(fù)責(zé)保障措施的工作，還承擔(dān)保障措施的咨詢(xún)、指導(dǎo)和技術(shù)支持工作。此外，菲律賓海關(guān)委員會(huì)對(duì)保障措施的執(zhí)行情況進(jìn)行了正式調(diào)查。根據(jù)《菲律賓保障監(jiān)督法》及其實(shí)施細(xì)則，菲律賓保障監(jiān)督調(diào)查的分工和程序主要包括一般保障監(jiān)督的啟動(dòng)、初裁和臨時(shí)保障監(jiān)督、正式調(diào)查和產(chǎn)業(yè)損害認(rèn)定等幾個(gè)方面，最終措施確定和最終保障措施。一般保障措施的啟動(dòng)在菲律賓有幾種啟動(dòng)一般保障措施的方式：（1）根據(jù)申請(qǐng)人的申請(qǐng)（2）應(yīng)總統(tǒng)的要求啟動(dòng)（3）由上議院農(nóng)業(yè)委員會(huì)或貿(mào)易和商業(yè)委員會(huì)的決議啟動(dòng)或下議院（4），如果沒(méi)有申請(qǐng)，但有證據(jù)表明進(jìn)口產(chǎn)品構(gòu)成對(duì)國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)造成嚴(yán)重?fù)p害或嚴(yán)重?fù)p害威脅的實(shí)質(zhì)性原因，秘書(shū)處也可自行發(fā)起保障措施調(diào)查

菲律賓境內(nèi)代表國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)的任何自然人或法人均可向秘書(shū)處提交書(shū)面保障措施調(diào)查申請(qǐng)，請(qǐng)求采取措施補(bǔ)救國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)因進(jìn)口增加而遭受的嚴(yán)重?fù)p害或防止嚴(yán)重?fù)p害的威脅。在提交書(shū)面申請(qǐng)時(shí)，申請(qǐng)人還應(yīng)提交證據(jù)，證明國(guó)內(nèi)類(lèi)似或直接競(jìng)爭(zhēng)產(chǎn)品的進(jìn)口產(chǎn)品的進(jìn)口數(shù)量增加與對(duì)國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)造成嚴(yán)重?fù)p害的情況或威脅之間存在因果關(guān)系，產(chǎn)品進(jìn)口量的增加和對(duì)國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)的損害。如果申請(qǐng)人在申請(qǐng)保障措施調(diào)查時(shí)尋求臨時(shí)保障措施，申請(qǐng)人應(yīng)說(shuō)明實(shí)施臨時(shí)保障措施的緊急情況及其相關(guān)信息，包括：請(qǐng)求實(shí)施臨時(shí)保障措施的聲明，在未來(lái)60天內(nèi)繼續(xù)進(jìn)口對(duì)國(guó)內(nèi)產(chǎn)業(yè)的影響，以及要求采取臨時(shí)保障措施的措施的形式和內(nèi)容，包括尋求增加關(guān)稅的類(lèi)型和范圍。保障措施的書(shū)面申請(qǐng)應(yīng)在貿(mào)易和工業(yè)部秘書(shū)處登記，涉及農(nóng)產(chǎn)品的書(shū)面申請(qǐng)應(yīng)在農(nóng)業(yè)部秘書(shū)處登記