1、主體之間的不平等：企業(yè)、單位相對與勞動者之間存在著不同程序的權利不平等因素。

2、建立關系的合同的表現(xiàn)形式不同：人事爭議與工作人員之間是聘用合同關系，解決的是“事業(yè)單位與其工作人員之間因辭職、辭退及履行聘用合同所發(fā)生的爭議”;勞動爭議之間是勞動合同關系，解決的是“因企業(yè)開除、除名、辭退職工和職工辭職、自動離職;因執(zhí)行國家有關工資、保險、福利、培訓、勞動保護的規(guī)定;因履行勞動合同發(fā)生的爭議以及法律、法規(guī)規(guī)定應當依照本條例處理的其他勞動爭議?！敝档米⒁獾氖牵徽撃穷惡贤?，凡是因履行合同發(fā)生的爭議范圍所包容的爭議事項都是非常寬的，故有法官認為“以履行聘用合同發(fā)生的爭議來界定人事爭議范圍太大”。

3、國家實現(xiàn)管理職能的主體以及管理關系不同：人事關系是國家人事行政管理機關對國家機關、事業(yè)單位以及工作人員之間存在的是一種具有直接利害關系的行政法律關系。勞動關系是國家勞動行政管理機關監(jiān)督各類企業(yè)執(zhí)行國家勞動法律法規(guī)，從而實現(xiàn)以保護勞動者合法權益為主的一種非直接利害關系的監(jiān)督關系。國家勞動行政管理機關與、各類企業(yè)、勞動者之間不具有直接的行政法律關系。

4、由于我國多年的體制，凡屬于人事部門下達人事編制、受其管理的是干部;凡屬于勞動部門職能范圍內(nèi)的單位的職工均為工人。

5、在我國實行勞動制度改革，逐步過渡到全員勞動合同制近20年后的現(xiàn)代企業(yè)組織中，一般情形下沒有干部身份的人員存在，企業(yè)與職工之間是完全的勞動合同關系，即勞動用工關系。發(fā)生勞動爭議只能到勞動爭議仲裁委申訴。而事業(yè)單位中的人員情形就比企業(yè)復雜得多，其中有國家事業(yè)單位干部(具有人事編制的人員)、有聘用制干部(有稱合同制干部，社保機構認為，這類干部應當與工人一樣參加養(yǎng)老保險，實質上就是工人，類似于國營企業(yè)改革前的以工代干的情形。但聘用制干部仍是人事部門下達了編制的人員)、有事業(yè)單位聘用人員、社會聘用人員、固定工、臨時工等類別，這些人員與事業(yè)單位之間的關系由不同的合同關系所聯(lián)系，其工資待遇、分配制度也有所不同，這也產(chǎn)生了不同的用人法律關系。發(fā)生爭議后，一般是具有人事編制的人員方可到人事爭議仲裁委進行申訴(但目前已不是單一的這種情形)，其他人員應作為勞動合同關系或視為勞動合同關系到勞動爭議仲裁委申訴。

6、目前事業(yè)單位的界線已逐漸變得模糊與不清晰，部分非國家正式事業(yè)單位享受事業(yè)單位待遇或模式經(jīng)營的如民辦學校，或稱民辦非企業(yè)單位如駕校、民辦科研機構，中介機構如律師事務所(筆者注：目前稅務、社保機構將律師歸入私營企業(yè)類管理對待)。一般事業(yè)單位由民政部門核準頒發(fā)《事業(yè)單位法人》證照，而原作為事業(yè)單位的律師事務所則一直由司法行政機關核發(fā)《律師事務所執(zhí)業(yè)許可證》，而無《事業(yè)單位法人》證照，但組織機構代碼證上原屬于事業(yè)單位，現(xiàn)已不屬此列?？梢赃@樣認定凡持有《事業(yè)單位法人》證照的單位均系事業(yè)單位，只是這些事業(yè)單位中的所有制形式存在不同，如學校事業(yè)單位，對全民所有制學校一般稱為“公辦學?！?，而非全民所有制的學校一般稱“民辦學?！?，或“社會力量辦學”。而企業(yè)均應由國家工商行政部門核準頒證根本不存在這類問題，只是依照《公司法》設立的稱之為“公司”，相對，一般工廠、經(jīng)濟組織則稱之為“企業(yè)”。

7、勞動爭議解決的是由勞動法律所調(diào)整的社會勞動關系。而人事爭議解決的是人事政策文件所調(diào)整的社會關系上的部分人事用人及其他關系。在事業(yè)單位中存在著內(nèi)部行政處分爭議，而企業(yè)中一般表現(xiàn)為勞動關系，而不表現(xiàn)為企業(yè)內(nèi)部行政關系。

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