根據(jù)現(xiàn)行法律，村委會和村集體經(jīng)濟(jì)組織是兩個獨(dú)立的組織。根據(jù)村委會組織法，村委會是村民自我管理、自我教育、自我服務(wù)的基層群眾性自治組織。它實行民主選舉、民主決策、民主管理、民主監(jiān)督，是我國農(nóng)村村民自治制度的主要組織載體。根據(jù)憲法和農(nóng)業(yè)法的規(guī)定，農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織是我國農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)制度的主要形式。我國農(nóng)村的基本經(jīng)濟(jì)制度是“農(nóng)村土地集體所有制”和“家庭聯(lián)產(chǎn)承包、統(tǒng)分結(jié)合的雙層經(jīng)營機(jī)制”。農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織是農(nóng)村統(tǒng)分兩級管理機(jī)制中“統(tǒng)”的承擔(dān)者，大致可分為鄉(xiāng)、村、村民小組三個層次。丁冠良提供的數(shù)據(jù)顯示，1999年全國共有農(nóng)村社區(qū)合作經(jīng)濟(jì)組織233.4萬個，其中鄉(xiāng)鎮(zhèn)級3.7萬個，村級70.6萬個，小組級149.1萬個，占鄉(xiāng)鎮(zhèn)總數(shù)的82.5%，占村總數(shù)的96.2%，占組數(shù)的27.9%。因此，在村級，既有村委會，也有村級集體經(jīng)濟(jì)組織。前者是農(nóng)村群眾的自治組織，后者是具有獨(dú)立經(jīng)濟(jì)活動自主權(quán)的經(jīng)濟(jì)組織。兩者之間不存在行政上下級關(guān)系。

然而，現(xiàn)行法律法規(guī)在職責(zé)和權(quán)限上存在重疊。根據(jù)《農(nóng)業(yè)法》，農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織的主要職能是做好集體資產(chǎn)管理工作，合理使用和有效保護(hù)集體資產(chǎn)，保障集體資產(chǎn)保值增值。農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織的集體資產(chǎn)包括：法律規(guī)定屬于集體所有的土地和森林、山嶺、草原、荒地、灘涂等；集體經(jīng)濟(jì)組織的財產(chǎn)；建筑物、水庫、農(nóng)田水利設(shè)施、教育、科學(xué)、文化、衛(wèi)生等，集體所有的體育設(shè)施和其他設(shè)施；集體所有的其他財產(chǎn)。對此，《村委會組織法》也申明：“村委會應(yīng)當(dāng)尊重集體經(jīng)濟(jì)組織依法獨(dú)立開展經(jīng)濟(jì)活動的自主權(quán)，堅持以家庭承包經(jīng)營為主、統(tǒng)分結(jié)合的雙層經(jīng)營機(jī)制，保護(hù)集體經(jīng)濟(jì)組織和村民、承包經(jīng)營者、聯(lián)戶、合作方的合法財產(chǎn)權(quán)和其他合法權(quán)益?！斑@一規(guī)定應(yīng)當(dāng)明確村委會與農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織的關(guān)系。但在同一條中，法律還規(guī)定“村民委員會依法管理村民集體所有的土地和其他財產(chǎn)，教育村民合理利用自然資源，保護(hù)和改善生態(tài)環(huán)境”，從而造成村委會與農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織職權(quán)的重疊。因此，村委會可以代替村集體經(jīng)濟(jì)組織對集體土地等資產(chǎn)進(jìn)行管理。不僅如此，村委會與村集體經(jīng)濟(jì)組織職能交叉的規(guī)定也體現(xiàn)在許多法律中。例如，《土地管理法》第十二條規(guī)定，依法屬于國家所有、農(nóng)民集體使用的農(nóng)村土地，由使用該土地的農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織、村民委員會或者村民小組承包出去。另一個例子是《民法通則》第74條，其中規(guī)定，集體所有的土地依法屬于村農(nóng)民，由村農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社和其他農(nóng)業(yè)集體經(jīng)濟(jì)組織或者村民委員會經(jīng)營管理。